目前畜禽粪便主要有饲料化、肥料化、能源化这三种环境友好型的处理技术。将鸡粪用37%甲醛的福尔马林溶液混合，24小时以后能除去病原微生物、尿素、寄生虫等物质，再将处理后的鸡粪喂牛或者猪，效果良好。首先在鸡粪中接种米曲霉与白地霉，之后用蒸锅杀菌的方法来处理，以去除鸡粪中的有害物质，这种方法也比较简单实用。将畜禽粪便与饲料一起贮存，这种方法既能提高饲料的香味又能杀死粪便中的病菌及有害微生物等。在鸡粪中添加光合细菌、细黄链霉菌、乳酸菌等菌种后，将鸡粪干燥制成蛋白饲料，这种方法既能除臭又能杀有害茵。除了饲料化之外，畜禽粪便还能源化，在规模化的养殖场将畜禽粪便收集后，建立大型沼气发生装置，畜禽粪便经过发酵后，产生沼气供作能源利用，发酵后的废液还能作为植物营养液，发酵残渣则能改良土壤。畜禽粪便目前最主要的处理方式还是肥料化为主，畜禽粪便收集脱水或者添加其他秸秆辅料后，调整水分到60%.70%，启动发酵，经发酵处理后，形成商品有机肥，但是目前传统的发酵工艺条件下，发酵过程不够彻底，发酵过程中氮素损失过大，堆肥场地大，时间长。因此更需要研究出一种更为合理的保氮增效的处理工艺，来加快发酵过程，提高发酵效率，使发酵的产品应用于农业生产更为有效更为安全。