消毒分为带鸡消毒，饮水消毒，环境和器具消毒。饮水消毒就是控制水中的微生物繁殖。水源受污染后，水中会含有大量微生物，如大肠杆菌，这也是许多饲养场大肠杆菌难控制的主要原因，另外，饮水中加入大量葡萄糖，电解质，维生素，会造成管道里形成生物膜，这种生物膜多含有细菌分泌的粘液，这种粘液对细菌有保护作用，许多消毒剂对这种粘液不起作用，导致细菌大量滋生，危害机体。而且这种生物膜大量滋生还会降低水流量，及时清除这种生物膜后如果不采取适当措施，一段时间还会生长出来。饮水消毒的目标是清除水中病原微生物。消毒液进入肠道后不会区分有益菌还是有害菌，会杀灭帮助消化的有益菌，从而造成鸡只消化不良，带来一系列后果。因此饮水中加入大量消毒剂防治肠道病是愚蠢的一招。目前多用氯制剂，如漂白粉，这也是人用水常做的方法，剂量合适是安全的，但对饮水免疫有影响。但对于饮消毒水不建议使用，建议饮用合格水质，并在饮水中加入微生态和酸化剂，防止管道中细菌和生物膜滋生，并定期冲洗管道。饮水卫生对生命来说是至关重要的。